儒門
儒門：奉祀至聖先師孔夫子，文昌帝君，九天司命真君，李太白仙翁，邱長春仙翁。 孔子乃集中華文化之大成者，曾刪詩書，定禮樂，贊周易、修春秋，闡永世不變之真哩，以六經教育養成完美人格，儒教本為內聖外王之學，至廣大而盡精微，精高明而道中庸，特重視倫理道德實踐，盡三綱五常，四維八德之能事，要人人各安其分，從內心做，人要成就聖人就必須在仁倫中完成仁德，修己安人，博施濟眾，以達「天人合一」之最高精神境界，後人尊為儒教之教祖。
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經文社
恭奉 南海觀世音菩薩,文殊菩薩,準提菩薩,普賢菩薩,地藏王菩薩經文社:下設誦經組農曆每月初一日、十五日，且每逢諸仙佛菩薩聖誕慶典暨每年本院舉辦的法會，中元普渡，九九重陽，院慶等五天的梁皇寶懺大法會，為往生助唸等，均由誦經組各位師兄、師姐共同踴躍參與慶典誦經禮懺等各項活動，為神佛祝壽，為眾生誦經，祈福消災解厄，利益無數眾生。誦經組也經常參與友宮堂法會讚經，深獲好評，法喜充滿。本院奉旨接納信眾安奉太歲,文昌,財神,光明燈,逢初一,十五,誦經禮懺一天,以祈求光明順利,元辰光彩
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藏經閣
藏經閣： 位於玄樞院二樓，藏書計有儒、釋、道經典書籍期刊，宗教哲學，修身養性等數十種善書，為增進社會善良風氣，提昇倫理道德，促進社會和諧、祥靜，並有長期免費印贈善經書。無極混元真經、無極混元玄玄上仁大道真經，木公老祖啟蒙真經，瑤池金母普渡收圖真經合訂本，共結十方善信善緣。
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釋門
奉祀三寶佛，釋迦牟尼佛，藥師佛，阿彌陀佛及燃燈古佛，觀世音菩薩，前奉祀混元一炁護法天王即不動明王。佛教之教主為釋迦牟尼佛，曾由四門由觀人都難免生老病死之苦，而尋求解脫之方法，一切眾生悉有佛性，自性本自清淨，不生滅，自具足，無動搖，能生萬法，只要明心見性，皆可成佛「萬法惟心，形隨心轉」決定一個人命運，四生六道因果輪迴。
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慈善會
慈善會： 慈善會自成立以來，即本著「人飢己飢，人溺己溺」的精神慈悲濟世，尤對地方公益、慈善活動全力支持與配合，服務內容包括愛心急難救助，冬令救濟，地方公益贊助，不遺餘力。此外，本院辦理七月超渡法會，禮斗法會，院慶梁皇法會所用的祭品，發放剩餘的米，普渡品、素桌、白米等物資，均皆捐給育幼院，孤兒院等公益團體。本院並榮獲台南市政府一0三年、一0四年宗教團體公益績優表揚。
