藏經閣
藏經閣： 位於玄樞院二樓，藏書計有儒、釋、道經典書籍期刊，宗教哲學，修身養性等數十種善書，為增進社會善良風氣，提昇倫理道德，促進社會和諧、祥靜，並有長期免費印贈善經書。無極混元真經、無極混元玄玄上仁大道真經，木公老祖啟蒙真經，瑤池金母普渡收圖真經合訂本，共結十方善信善緣。
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釋門
奉祀三寶佛，釋迦牟尼佛，藥師佛，阿彌陀佛及燃燈古佛，觀世音菩薩，前奉祀混元一炁護法天王即不動明王。佛教之教主為釋迦牟尼佛，曾由四門由觀人都難免生老病死之苦，而尋求解脫之方法，一切眾生悉有佛性，自性本自清淨，不生滅，自具足，無動搖，能生萬法，只要明心見性，皆可成佛「萬法惟心，形隨心轉」決定一個人命運，四生六道因果輪迴。
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慈善會
慈善會： 慈善會自成立以來，即本著「人飢己飢，人溺己溺」的精神慈悲濟世，尤對地方公益、慈善活動全力支持與配合，服務內容包括愛心急難救助，冬令救濟，地方公益贊助，不遺餘力。此外，本院辦理七月超渡法會，禮斗法會，院慶梁皇法會所用的祭品，發放剩餘的米，普渡品、素桌、白米等物資，均皆捐給育幼院，孤兒院等公益團體。本院並榮獲台南市政府一0三年、一0四年宗教團體公益績優表揚。
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玄樞院
無極混元三聖大天尊(玄玄上人、木公老祖、瑤池金母)正傳 玄玄上人又名無極聖祖、混沌開天始祖、混元老祖、混元古佛，為宇宙之主宰，宇宙之靈體，亦即混元一炁之靈體，為宇宙之祖。玄玄上人靈體之一炁化三清，即太上道祖，元始天尊，靈寶天尊，是為三清道祖。又化五老，即東方木公，西方金母，南方赤精，北方水精，中央黃老。三清五老皆為玄玄上人一炁所化。玄玄上人統萬靈而生天生地，處處通靈，生物生人，為宇宙萬靈之主宰。玄玄上人曰：鴻濛未闢，自有吾靈，歷盡歲月至今，不知經幾甲子，化生無數星球，滅又生，壞又成，可之數之大，無可稽考也。又曰：眾生由吾所化，萬類由吾所生，需空久蘊氣玄玄，未判鴻濛有我先，一點真靈長不滅，生來佛聖與神仙。木公老祖、瑤池金母為五老至尊。宇宙天地大道由玄玄上人，三清道祖、木公老祖、瑤池金母一脈相傳。金母曰：自古吾師玄玄上人傳道於木公，木公傳道於吾。太初一炁，玄而又玄，生天生地，無極一動，太極生焉，道炁盤旋，木公、金母，安爐置鼎，合練丹鉛，妙法真詮，氣濁為地，氣清為天，生人生物自此相傳，至今甲子，六萬多年，玄宗天地，萬物得其生，玄濟陰陽，萬物得其化，陰陽者，玄炁之所分。人得五行之秀，精氣神之三寶，而物僅得五行之偏，故人為萬物之靈也。今逢三世末劫，無極混元三聖大天尊，見人心不古，道德淪喪，為普渡世人。親自應運下降玄門總廟禪修重地無極混元玄樞院。世人應知機會難得,千載難逢,致力行善修道,克苦耐勞,努力禪修,則修道必成,即身成道.玄樞院：中殿奉祀主神無極混元三聖大天尊，即玄玄上人，木公老祖，瑤池金母，左輔南天文衡聖帝，右弼法事主席南宮孚佑帝君，前奉祀先天豁落靈官王天君，中壇元帥。玄玄上人曰，混沌未開之初，氤氳幻育之時，自有吾靈，歷盡歲月至今，不知經幾甲子，化生無數星球，滅又生，壞又成，可知數之大，無可稽考也，又化三清而誕育五老，統萬靈而生天生地，處處通靈，生物生人，作宇宙萬靈之主，為仙凡普渡之師，道冠無極。木公老祖：道德巍峨，胸懷磊落，為眾生之大父，作萬世之尊師，道冠天人，育嬰兒生姹女之正象真形，靈通遍植於古今，至深至厚，真種播餘於宇宙，護中土之神州，劫劫安寧。瑤池金母：金母曰，自古吾師玄玄上人傳道於木公，木公傳道於吾，太極生焉，道氣盤旋，木公金母安爐置鼎，氣清為天，清濁為地，生人生物自此相傳，至今甲子，六萬多年，人以孝悌為本，道以精神為本，孝悌立。而人無愧，精神足而道可修，修道無他，還原本來面目而已，精神從何處散出，還從何處收回來。 玄門總廟：無極混元玄樞院建院簡介 民國六十四年歲次乙卯公元一九七五年，宇宙主宰無極混元玄玄上人及木公老祖、瑤池金母下降玄門發祥地玄樞院創立玄門。並奉無極混元三聖大天尊懿旨。以玄樞院，為無極混元三聖大天尊所屬玄門總廟，無極聖教及無極道脈之總部。嗣奉三聖尊旨令創立五樞院(即玄樞院,中樞院,文樞院,監樞院,靈樞院)。民國六十四年歲次乙卯,一九七五年九月,于現址著手開山建院。公元一九七六源菊月正殿初模竣工，同年十月二十八日無極混元瑤池金母大天尊新聖像安座開光，並定是日為玄樞院院慶。公元一九七八年奉旨安奉無極混元玄玄上人大天尊，無極混元木公老祖大天尊寶像.公元一九七九年成立管理委員會，公元一九八三年歲次癸亥奉旨改制為財團法人無極混元玄樞院，終於公元一九八八年歲次戊辰十月竣工，同月二十一日安奉重塑之無極混元三聖大天尊及儒殿，釋殿諸仙佛寶像。 無極混元玄樞院，鍾靈聖蹟，萬年聖地，座東北朝西南，前瞻日月乾坤湖，北據龍窟，南踞虎穴，映眼翠綠竹林，花香鳥語，清淨不染，天地靈氣降聚聖地，北式建築，巍峨雄偉，古色古香，綠木扶疏，為禪修絕佳聖地。巍峨廟宇屹立於綠翠廣院中，結構高達三十七尺，外貌寬大宏偉，屋頂鋪設黃色琉璃瓦，色彩艷麗，光彩奪目。 本院中殿奉祀主神無極混元三聖大天尊，即玄玄上人、木公老祖、瑤池金母，乃萬靈至尊。左輔南天文衡聖帝，右弼法事主席南宮孚佑帝君，前奉祀先天豁落靈官王天君、中壇元帥，左殿儒門，奉祀至聖先師孔夫子、文昌帝君、九天司命真君、李太白仙翁、邱長春仙翁，右殿釋門，奉祀三寶佛即釋迦牟尼佛、藥師佛、阿彌陀佛，及燃燈古佛、觀世音菩薩，混元一炁護法天王即不動明王，集儒道釋為一體。神人合一共同弘揚無極至理，及中國固有倫理道德，為禪修重地，修心養性，返本皈元之聖院。本院，經無極混元三聖大天尊，玉皇大天尊及佛仙聖神親駕經長年累月，著成真宗寶鑑，玄門秘笈及無極混元真經等三大經書,作為玄生修道禪修之寶鑑。 本院以董事會為決策管理及執行單位,推動院務聖事等。本院興建先後歷經十三載,自奉旨創院至今業已四十年,此生難得有幸,能在宇宙主宰無極混元三聖大天尊座下修道,應以感恩之心,造功立德,本院奉無極混元三聖大天尊之旨意為一禪修道場.無極混元玄樞院董事會 敬上
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儒門
儒門：奉祀至聖先師孔夫子，文昌帝君，九天司命真君，李太白仙翁，邱長春仙翁。 孔子乃集中華文化之大成者，曾刪詩書，定禮樂，贊周易、修春秋，闡永世不變之真哩，以六經教育養成完美人格，儒教本為內聖外王之學，至廣大而盡精微，精高明而道中庸，特重視倫理道德實踐，盡三綱五常，四維八德之能事，要人人各安其分，從內心做，人要成就聖人就必須在仁倫中完成仁德，修己安人，博施濟眾，以達「天人合一」之最高精神境界，後人尊為儒教之教祖。
