自治行政科： 縣長、鄉市長差假與獎懲、鄉市辦公處所、村里辦公處什項工程之擬辦、鄉市行政區劃分、鄰戶編組、村里幹事配置、鄰長異動登記、村里長、村里幹事講習訓練、締結姐妹縣之結盟及往返事項擬辦、鄉市公共造產業務之督導與考核、縣議會決議案之處理彙送、鄉市民代表會業務輔導、臨時村里民大會之督導及議決案之處理、各種公職人員選舉、罷免之擬辦、縣長競選政見執行情形資料之蒐集彙整陳報、公民投票事項之擬辦、法律扶助事項之處理、原住民及其他委員會族群業務 宗教禮俗科： 寺廟、神明會、祭祀公業管理及土地清理、囑託登記及標售作業、重大宗教民俗活動之籌劃辦理、輔導補辦登記寺廟土地或建物合法化、輔導宗教團體發展及補助業務、宗教財團法人之管理 、忠烈祠、孔廟之管理、春、秋祭及祭孔釋奠典禮、全國孝行獎及芳草人物表揚、全國宗教資訊系統登打建檔、本處宗教禮俗科綜合業務及網站資料更新護 戶政科： 戶籍登記、統計及通報、戶政法令宣導、戶政簡政便民創新業務、自然人憑證、志願服務及印鑑登記、戶政規費及罰鍰、大陸地區人民、原住民、出入境人口及後備軍人等戶籍之管理、外籍及大陸配偶照顧輔導、戶役政資訊系統相關業務、戶政預算(含戶政事務所)之編列、分 配、執行控管及核銷、戶政事務所廳舍及設備之管理、戶政人員異動、差假、獎懲及教育訓 練等人事事項、兼辦本處總務及綜合業務(重大綜合 業務除外)、終身學習時數登錄檔案上傳業務、國民身分證及戶口名簿之管理、國籍管理、門牌編釘及管理、戶籍查對及校正、戶籍謄本及戶籍資料連結及提供、戶警聯繫及其他縣(市)戶政聯繫事項、首次辦理護照人別確認、本處網站管理人員 兵役科： 常備兵、替代役、補充兵徵集業務、役男異動及各項延期、暫不徵集、妨害兵役案件等事故之處理、申請服替代役及家庭因素服補充兵、提前退伍業務、志願役、預官之徵處、役政業務督導考核綜合處理、役男徵兵體格檢查及複檢之處理、役男免役、禁役、緩徵之審查核定、役男兵籍調查業務、徵兵處理綜合業務、常備兵、替代役男徵集入營輸送處理、軍人忠靈祠管理、後備軍人管理業務及現役軍人權益事項業務、服役人員傷殘、死亡安置及慰問、役男征屬生活扶助業務、替代役管理業務、提前退役業務、替代役召集業務、兵役綜合業務及役政業務經費補助之撥處、兵役資訊業務綜合處理、辦理全民防衛動員準備業務、役男軍種兵科抽籤及補辦抽籤業務之處理、

本局辦理各項社會教育及文化活動，成為今日縣民不可一日或缺之藝文活動、文化服務場所。

本縣稅捐稽徵業務原由澎湖縣政府財政科兼辦 本處是全省最小之稅捐機關，全處編制員額僅六十一人 ( 詳如組織系統表 )，未設分處。「公平徵課，服務為先」向為本處抱持之信念。對於國家所賦予課稅之天職，除依法公平徵課，以挹注縣庫需求外；並強調為民服務，以婉轉和悅的態度，隨時為民眾解答各項稅務疑難。 此外，更組成租稅宣導隊伍，適時走入村里、學校與軍中，闡述各項租稅常識，期使民眾咸能心悅誠服納稅，確收協助稽徵疏減訟源之效果。