最初林口靈糧堂是由三重靈糧堂萬小運牧師，帶著靈糧教牧宣教神學院的4位神學生，與服務於林口長庚醫院的基督徒醫師邱維超弟兄所開拓建立的。1990年11月18日第一次聚會，1991年6月23日林口靈糧堂舉行教會設立的感恩禮拜，林口靈糧堂正式成立。