沿革簡介：據傳在西元1641年時，即由鹿耳門的漁民搭建草廟，前殿奉祀水仙尊王，中殿則主祀與真人同高的天上聖母軟身神尊，當地稱為「鹿耳門媽」，即聖母廟的前身。至明永曆十五年（西元1661年），延平郡王鄭成功率軍來台，登陸鹿耳門，鹿耳門媽顯靈相助。為感念神恩重建聖母廟，添建兩廂側室，稱文館、武館，並增祀隨艦而來的三尊聖母神像。